En 2002, il publie le très controversé l'Effroyable imposture dans lequel il développe sa thèse: les attentats sont le fruit de terrorisme intérieur aux Etats-Unis et aucun avion n'est tombé sur le Pentagone le 11 septembre 2001. Mais illuminé et paranoïaque pour beaucoup, il devient vite indésirable dans les médias français, ce qui ne l'empêche pas de vendre 200 000 exemplaires de son livre partout dans le monde. En 2007, il déclare se sentir proche du Hezbollah en tant que principal réseau de résistance au Proche-Orient et éprouver beaucoup d'admiration pour son secrétaire général Hassan Nasrallah. Il met également en avant sa "contribution personnelle" à la révolution iranienne et ses "amitiés vénézueliennes". Se présentant comme un radical, il déclare être prêt "à travailler avec tout le monde, à l'exception de ceux qui ont participé activement aux agressions impérialistes" et s'inspirer de Jean Moulin qui "accepta de travailler avec tous ceux qui voulaient défendre la liberté, de l'extrême gauche à l'extrême droite ". Il décide de vivre au Liban en août 2008. Cinq chefs d'État en exercice - et pas des moindres! -  ont apporté publiquement leur soutien à la thèse de Thierry Meyssan : le président Mahmoud Ahmadinejad (Iran), le président Bachar el-Assad (Syrie), le président Hugo Chávez (Venezuela), le cheikh Zayed (Émirats arabes unis), le président Fidel Castro (Cuba).