Impressionnant sous le maillot tchèque, où il est le parfait complément du géant Jan Koller, Milan Baros éprouve un peu plus de difficultés en club. Pourtant ses débuts à seulement dix-huit ans au Banik Ostrava, en première division tchèque, sont prometteurs. 23 buts en 76 matchs et des performances de haute volée attirent l'oeil des recruteurs des plus grands clubs européens.  C'est Gérard Houllier alors à Liverpool, qui le suit depuis longtemps, qui obtient sa signature fin 2001. Baros débarque donc sur les bords de la Mersey en même temps qu'un certain Nicolas Anelka. Il reste sur le banc dans les premiers temps, barré par le Français et les mythes Michael Owen et Robbie Fowler. Le départ d'Anelka et Fowler à l'intersaison lui donne la chance de s'exprimer. Le Tchèque plante 9 buts en 27 matchs et démontre que son adaptation au football anglais est réussie. Mais une blessure à la cheville stoppe sa progression la deuxième année qu'il termine avec un bilan famélique de 13 matchs disputés et un seul but inscrit.  L'arrivée de Rafael Benitez sur le banc en 2005/2006 à la place de Houllier relance Baros. Dans un système à un seul attaquant, et suite au départ de Michael Owen pour le Real Madrid, le Tchèque s'impose à la pointe de l'attaque. Certes il marque toujours peu de buts (9 en 26 matchs), mais sa vitesse et sa technique sont précieuses pour son équipe. Liverpool est catastrophique en championnat, mais accomplit un parcours exceptionnel en Ligue des Champions. Mené 3-0 en finale par le Milan AC à la mi-temps, Liverpool revient d'entre les morts, remonte à 3-3 et remporte la Coupe aux grandes oreilles. Une soirée en apothéose qui couronne une saison où Baros n'aura pas été épargné par les critiques. Sentant que son temps de jeu va réduire avec les arrivées de Peter Crouch et Fernando Morientes, Baros décide de partir à Aston Villa pour préserver sa place de titulaire en sélection nationale.  Sa saison y est difficile dans une équipe qui stagne dans le milieu de tableau en Premier League. Il marque malgré tout 8 buts en 25 matchs. Sélectionné pour la première fois en 2001 contre la Belgique, où il marque deux buts, « le Maradona d'Ostrava » devient incontournable pendant l'Euro 2004. Les Tchèques atteignent les demies finales, défait par la Grèce 1-0, et Baros termine meilleur buteur de la compétition avec cinq buts en cinq matchs. Outsider de la Coupe du Monde 2006, la République Tchèque est pourtant éliminé dès le premier tour.  Milan Baros revient donc à Aston Villa quelque peu déprimé. Il retrouve le sourire en signant pour l'Olympique Lyonnais en janvier 2007, où il retrouve son mentor de Liverpool, Gérard Houillier. L'OL espère voir le Baros de l'Euro 2004 mais le club champion de France déchante vite. Et le Tchèque prend place sur le banc, contentant de jouer les utilités. Malgré tout, l'attaquant reste au club à l'intersaison, espérant toujours s'y imposer. Mais c'est peine perdue, notamment à cause de l'éclosion du jeune Karim Benzema. Baros est alors le 3e attaquant du club rhodanien. Lors du mercato hivernal 2008, il décide de partir devant le faible temps de jeu proposé et retrouve le championnat qu'il préfère, à savoir la Premier League, avec Portsmouth.