Arrière droit porté vers l'offensive, Karim Haggui débute sa carrière professionnelle sous les couleurs d'un des clubs phares de Tunisie, l'Etoile du Sahel, au début de la saison 2003/2004.  Dans la foulée, il obtient sa première sélection en août 2003 face à la Guinée. Plus jeune tunisien vainqueur de la Coupe d'Afrique des Nations en 2004 à domicile, c'est lui qui qualifie son équipe en inscrivant le tir au but décisif en quarts de finale face au Nigeria.  A seulement 21 ans, il s'envole pour l'Europe et la France et signe au Racing Club de Strasbourg. Tacleur impitoyable et doté d'un bon jeu de tête sur coups de pieds arrêtés, il s'impose sur le flanc droit de la défense alsacienne et dispute 20 rencontres de championnat, non sans avoir au préalable récupéré d'une blessure au pied qui le handicapait.  La saison 2005/2006 lui permet de découvrir la Coupe de l'UEFA dans la foulée d'une victoire en Coupe Intertoto, mais Haggui ne peut empêcher son club d'être relégué en Ligue 2.  Après avoir pris part à sept matchs et inscrit deux buts durant les qualifications, Haggui sjoue tous les matches lors du mondial allemand, malheureusement au nombre de trois puisque la Tunisie sera éliminée dès les phases de poule. Le Tunisien décide alors de lancer une fois pour toute sa carrière internationale en s'engageant pour le Bayer Leverkusen. Lors de cette première saison, il joue 25 matches en championnat et espère encore progresser dans les années à venir.