Après un documentaire : Nastia et Iegor (1990), il rejoint les studios Lenfilm et fait des débuts très remarqués en adaptant les Jours heureux de Samuel Beckett (SastLivye dni, 1991) et le Château de Franz Kafka (Zamok, 1994).En 1996 il signe le troisième (et le meilleur) épisode (Trofim) d'un film en hommage aux frères Lumière l'Arrivée d'un train (Pribytije pojesda) et coréalisé par Vladimir Khotinenko, Dmitri Meskhiev et Aleksandr Khvan. Son film suivant le Frère (Brat, 1997) introduit un nouveau personnage des temps modernes : le chevalier-tueur dans un récit qui donne un tableau assez cru de la crise morale traversée par la Russie d'après perestroika. Dans Des monstres et des hommes (Pro urodov i ljudej 1998) Balabanov aborde dans un style rappelant l'univers photographique de la fin du XIX siècle les rapports de classe sado-masochistes vus à travers un prisme d'amoralité très esthétique. En 1999 le Frère 2 (Brat 2) donne une suite aux aventures plus cyniques que romantiques d'un antihéros de notre époque.