Il fut l'assistant de Jean Eustache, Jacques Rivette et Alain Tanner. Comme eux, il est devenu un auteur exigeant dont l'uvre n'a malheureusement pas rencontré l'accueil qu'elle mérite auprès du public. Erica Minor (1974), le premier film de cet excellent portraitiste, met en scène trois figures de femmmes, représentatives de la génération d'après 68. Le deuxième, Mais où est donc Ornicar ? (1978), également interprété par Brigitte Fossey, s'inscrit dans la même lignée et témoigne des mêmes préoccupations stylistiques et thématiques. L'échec public de ces deux films et des deux suivants (le Bâtard, 1983, adapté d'Erskine Caldwell ; Côté cur, côté jardin, 1984) semble avoir donné un sérieux coup de frein à la carrière de Van Effenterre. Devenu producteur, il n'abandonne pourtant pas la mise en scène et signe en 1990 Tumultes, pénétrante étude psychologique d'un huis clos familial, et Poisson-lune en 1993. Scénariste de ses films et notamment de Mes petites amoureuses (J. Eustache, 1974), il est également producteur au-delà de ses propres travaux : Biquefarre (G. Rouquier, 1984), Double messieurs (J.-F. Stévenin, 1985), Histoires d'Amérique (Ch. Akermann, 1988), Après la tempête (Joele Van Effenterre, 2001).
